Во второй половине XX столетия Енисей и Ангара подверглись наиболее мощному из всех известных антропогенных воздействий – русловому зарегулированию. Это привело к созданию ряда крупных водохранилищ: на Енисее – Саяно-Шушенского, Майнского, Красноярского, на Ангаре – Иркутского, Братского и Усть-Илимского. Менее крупные водохранилища – Усть-Хантайское и Курейское – расположены в Заполярье на правых притоках Енисея (реки Хантайка и Курейка). Завершается строительство Богучанской ГЭС. Активно продвигаются проекты строительства Мотыгинской и Эвенкийской ГЭС. Режимы эксплуатации водохранилищ в настоящее время определяются в первую очередь задачами гидроэнергетики и практически не учитывают интересы рыбного хозяйства. Например, из-за Красноярской ГЭС на Енисее значительно, в 3–5 раз, сократились расходы воды в период весеннего половодья. Отсутствие половодий в период нереста весенне-нерестующих рыб многократно сокращает нерестовые площади для последних, поскольку не заливается наземная растительность на островах и в прибрежной зоне реки. Высокие весенние паводки, существовавшие до зарегулирования стока, способствовали промыву многочисленных проток, затонов, стариц, где обитали щука, язь, карась, плотва, окунь и многие другие виды. В настоящее время эти биотопы интенсивно мелеют, в значительной степени зарастают в летний период высшей водной растительностью и становятся малодоступными для обитания, т.е. происходит сокращение нагульных площадей рыб.

На участках рек в нижних бьефах плотин наблюдаются также колебания уровня воды, обусловленные суточным режимом регулирования мощности ГЭС. Такие колебания уровней воды могут достигать 1,5 м. Они оказывают крайне негативное влияние в период нереста. Отложенная в период высокого уровня на залитую наземную растительность икра при снижении уровня воды обсыхает и погибает. При зимней сработке уровня воды в водохранилищах происходит осушение и вымерзание значительных площадей прибрежной зоны, что приводит к гибели донных организмов, являющихся основным кормом рыб-бентофагов. Так, при максимальной сработке уровня Красноярского водохранилища осушается и промерзает около 26% от общей площади водохранилища, при средней сработке – 15%. Гибель и подавление зообентоса приводит к снижению кормовой обеспеченности и потере дополнительной продукции рыб, обитающих в литоральной зоне и обеспечивающих более 90% промысловых уловов в ангаро-енисейских водохранилищах. Глубинный забор подаваемой на гидроагрегаты воды привел к тому, что ее температура в реках на участках ниже плотины резко, в среднем на 10 градусов, понизилась в летний период и на 2–3 градуса зимой. Низкие температуры воды в вегетационный период сдвигают сроки нереста, увеличивают период инкубации икры весенне-нерестующих рыб и ее гибель, связанную, в первую очередь, с ее выедаемостью другими рыбами. Повышенный температурный фон в зимний период нарушает естественные условия зимовки рыб.

Изменение гидрологического режима изменило и структуру речных ихтиоценозов. Смена видового состава ихтиофауны сопровождалась резким снижением численности ценных видов рыб – стерляди, осетра, тайменя, ленка, хариуса, сига. Резко снизилось и видовое разнообразие. В целом по акватории водоемов по частоте встречаемости, а также по численности и биомассе доминируют плотва и окунь. По данным мониторинга Красноярского водохранилища относительная численность только трех видов рыб – окуня, плотвы и леща составляет 98%, биомасса – 89%. Еще одним следствием воздействия гидроузлов на биологические ресурсы водохранилищ является гибель рыбы и других гидробионтов при скате через гидросооружения плотин. Скат и гибель рыб, а также их кормовых ресурсов приводят к существенной потере рыбопродукции водохранилищ и снижению уровня воспроизводства популяции рыб. Существующие в бассейне Енисея ГЭС не оборудованы рыбозащитными сооружениями; таким образом, рыбному хозяйству ежегодно наносится значительный ущерб. Так, общий ущерб от потери рыбопродукции при скате рыб и их кормовых ресурсов через гидросооружения Красноярской ГЭС и их гибели в натуральном выражении составляет ежегодно около 175 т. Расчетный ущерб в натуральном выражении для строящейся Богучанской ГЭС только от гибели зоопланктона составляет 540 т рыбы, проектируемой Мотыгинской – 250 т. Перечисленные негативные факторы привели к резкому снижению рыбопродуктивности водохранилищ. Несмотря на интенсивный промысел в 80–90 годах прошлого столетия, объемы вылова относительно дозарегулированного периода сократились в бассейне Енисея на 20%, причем преимущественно за счет ценных полупроходных видов рыб. Относительная промысловая рыбопродуктивность Красноярского водохранилища составляет 1,5 кг/га, тогда как до зарегулирования стока она достигала на этом участке реки 8 кг/га.